Pranab menggantikan presiden wanita pertama, Pratibha Patil, yang tempoh penggal lima tahunnya berakhir pada 25 Julai 2012.

Dalam undian yang dijalankan, beliau menewaskan P.A.Sagma, bekas Speaker Dewan Rakyat (Lok Sabha).Terdapat 748 anggota Parlimen dalam Dewan Rakyat. 527 mengundi Pranab manakala Sagma, 64, mendapat 206 undi. Sebanyak 15 undi rosak.[4]

Pada bulan Januari 2017, Mukherjee menyatakan bahawa beliau tidak akan bertanding untuk pilihan raya Presiden 2017. Alasannya untuk mengatakan ini ialah usianya dan kesihatan yang tidak baik.